Willkommen bei JLUpub
JLUpub ist das institutionelle Repositorium der Justus-Liebig-Universität.
JLUpub bietet Mitgliedern und Angehörigen der Universität die Möglichkeit neben wissenschaftlichen Dokumenten auch Forschungsdaten elektronisch zu veröffentlichen und dauerhaft zugänglich zu machen. Alle Veröffentlichungen erhalten einen Digital Object Identifier (DOI) und werden über nationale und internationale Bibliothekskataloge sowie Suchmaschinen nachgewiesen und auffindbar.
Neue Veröffentlichungen:
Analyse und Verbesserung der spezifischen Detektion der Minusstrangsynthese des Hepatitis C Virus
(2024) Budnik, Jonas
Das Ziel der WHO, die Hepatitis C als Gefahr für die Öffentlichkeit bis 2030 zu eliminieren, zeigt, dass diese Krankheit auch trotz wirksamer Medikamente noch ein globales Problem darstellt. Eine Impfung ist aktuell noch nicht vorhanden. Aufgrund dessen ist es wichtig, die molekularen Mechanismen des Hepatitis C Virus weiter zu untersuchen, obwohl es mit den DAA-Therapieregimen bereits suffiziente Therapiemöglichkeiten gibt. Die Etablierung eines spezifischen Systems zur Detektion der Minusstrangreplikation von Viren, entkoppelt von der Plusstrangsynthese und Translation, ist ein wichtiges Instrument, um die Mechanismen der Initiation der Minusstrangreplikation zu verstehen und mögliche Therapieansätze zu entwickeln. Ein solches System wurde von L. Shalamova für HCV entworfen, wies aber in den Experimenten ein Hintergrundsignal in der qPCR auf, welches die Aussagekraft einschränkte. Ziel dieser Arbeit war es den Grund für das Hintergrundsignal zu finden und entsprechende Modifikationen am Versuchsprotokoll vorzunehmen, welche das Hintergrundsignal verringern und damit die Aussagekraft verstärken.
Als ein möglicher Grund für das Problem wurde die Bildung artifizieller Minusstränge durch ein Rückfalten des 3‘-Ende mit selfpriming und fortlaufender Transkription herausgestellt. Dieser Mechanismus ist sowohl für die in vitro-Transkription als auch für die RT-Reaktion denkbar. Ein weiterer möglicher Grund wurde in der Bildung von kurzen DNA-Oligonukleotiden beschrieben, die in Folge eines unvollständigen DNase Verdau entstehen und anschließend als Primer in der RT-Reaktion oder qPCR agieren könnten. Trotz unterschiedlicher Modifikationen des Versuchsprotokolls konnte das Hintergrundsignal mit diesen Modifikationen allerdings in Betrachtung der Verhältnisse von Hintergrundsignal zu Gesamtsignal nicht gesenkt werden. Die Versuchsergebnisse lassen keine belastbare Aussage zum Ursprung des Hintergrundes zu, weswegen weitere Untersuchungen in Zukunft notwendig sind, um dieses neue System zur Minusstrangdetektion abschließend zu etablieren. Die Verwendung einer SP6 Polymerase oder die Anpassung des pH-Wertes bei der Phenol/Chloroform-Aufreinigung könnten beispielhaft weitere Schritte sein, um das Hintergrundsignal zu eliminieren.
Die Ergebnisse dieser Arbeit bieten eine wichtige Grundlage für weitere Experimente zum Ursprung des Hintergrundsignals und der abschließenden Etablierung des neuen Minusstrangdetektionssystems, welches neben HCV auch bei vielen weiteren Viren eingesetzt werden könnte.
Expression of the mouse odorant receptor genes Olfr1507, Olfr1508, and Olfr1509 in gene-targeted strains
(2024) Segoviano Arias, Paola Luz Eréndida
In mice, odorants are detected in the olfactory epithelium by olfactory sensory neurons (OSNs) via 1141 odorant receptors (ORs), which are G-protein-coupled seven-transmembrane proteins. The position of an OSN in the olfactory epithelium restricts gene choice to a subset of the repertoire of OR genes. A mature OSN expresses RNA of only one OR gene. Counts of OSNs expressing a given OR gene in mouse can vary greatly from gene to gene.
One of the most frequently chosen OR genes is Olfr1507, previously referred to as MOR28. This gene is located on Chromosome 14 in a cluster that includes the highly homologous OR genes Olfr1508 and Olfr1509.
In my Ph.D. thesis, I studied novel inbred C57BL/6 gene-targeted mouse strains carrying mutations of the OR-IRES-marker type in Olfr1507, Olfr1508, or Olfr1509. This genetic approach enables the visualization of OSNs (including the cilia, dendrite, cell body, axon, and axon termini) that express a given OR, by targeted integration of a cassette that leads to cotranslation of the OR with a marker such as taulacZ or tauGFP via an internal ribosome entry site (IRES).
I examined the spatial pattern of OSNs that express Olfr1507, Olfr1508, or Olfr1509 in the olfactory epithelium of Olfr1507-IRES-tauGFP, Olfr1508-IRES-tauGFP, and Olfr109-IRES-tauGFP strains. By using immunohistochemistry, I located these OSNs to the dorsolateral and ventromedial regions of the olfactory epithelium. I found that Olfr1507 is expressed in four-fold more OSNs than Olfr1508 and in three-fold more OSNs than Olfr1509.
I applied immunohistochemistry to characterize the positions of the Olfr1507, Olfr1508, or Olfr1509 glomeruli in the olfactory bulb and to test the specificity of a commercially available Olfr1507 antibody in the olfactory bulb.
∆OR strains have been used to study OR gene choice. In this paradigm, the coding region of an OR gene is replaced with that of a reporter such as GFP. The absence of Olfr1507-immunoreactive signal in homozygous ∆Olfr1507 mice is powerful evidence that the commercially available Olfr1507 antibody is specific for Olfr1507. I found that axons of ∆Olfr1507-expressing OSNs project diffusely over the ventral aspect of the olfactory bulb and innervate >100 glomeruli, suggesting there may be >50 OR gene candidates for second choice in these OSNs.
Taken together, my studies have validated the specificity of the Olfr1507 antibody. Working with inbred gene-targeted strains led to a consistent number and positions of the Olfr1507, Olfr1508, or Olfr1509 glomeruli. OSNs expressing ∆Olfr1507 reside in the same area of the main olfactory epithelium as Olfr1507-expressing OSNs and project their axons to >100 glomeruli, with various apparent degrees of innervation.
Erfahrungsbericht zur internationalen Summer School des Projekts „Post-Holocaust Remedies“
(2024-06) Rosenfeld, Julia; Reis, Finn Luis
Der vorliegende Erfahrungsbericht zielt darauf ab, die Ereignisse, Ergebnisse und das zwischenmenschliche Miteinander während der internationalen Sommerschule im Rahmen des Projekts „Post-Holocaust Remedies“ eingehend zu beleuchten.
Experience Report on the International Summer School of the “Post- Holocaust Remedies” Project
(2024-06) Rosenfeld, Julia; Reis, Finn Luis
The aim of this experience report is to take an in-depth look at the events, results, and interpersonal interaction during the international Summer School as part of the “Post- Holocaust Remedies” Project.
Microscopy Imaging Data for “Chronic lung disease induced brain microenvironment changes: implications in pre-metastatic niche formation”
(2024-09-11) Salik, Nazli
Microscopy imaging data related to the “Chronic lung disease induced brain microenvironment changes: implications in pre-metastatic niche formation” manuscript by Salik et al., 2024
Folders (uploaded as zip files):
HIF1a and HIF2a IHC (25,08 GB)
Podocalyxin and Iba1 staining-FFPE sections (32,79 GB)
Podocalyxin-Fibrinogen co-staining (54,15 GB)
Representative images (403,81 MB)
Videos (28,92 MB)
The folders contain image files and corresponding metadata files. Imaging was performed on a CQ1 spinning disc confocal microscope (Yokogawa Life Science, Tokyo, Japan; Cenibra GmbH, Bramsche, Germany) using 405/488/561 nm lasers and 20x, or 40x objective, or on an Axio Scan.Z1 slide scanner (Carl Zeiss Microscopy GmbH, Jena, Germany) using a 20x objective and the ZEN 2.3 software for acquisition.
Podocalyxin staining folders contain 4 images that are DAPI, A555 (podocalyxin staining), merge and binary version of podocalyxin staining.
Iba1 staining folders contain 5 images that are DAPI, A555 (Iba1 staining), merge, Iba1+ cell count, and DAPI count.
Note on Podocalyxin and Iba1 staining - 250um sections: Z-projections are available in the folders as PNG files, original data (>10 Gb for each sample) are available on request.
Abbreviations:
NO (normoxia): Control
Hox (hypoxia): CMH (chronic mild hypoxia)
RA (room air): Control
SE (smoke exposure) or CS (cigarette smoke): S-PH or S-Em (tobacco-smoke exposure induced pulmonary hypertension or also emphysema, after 3-month or 8-month exposure, respectively)