Der wichtige, multifunktionale Faktor CTCF, der als zentrales Element bei der Ausbildung drei-dimensionaler DNA Kontakte und Chromatin-Organisation identifiziert wurde, und sein Testis-spezifischer paraloger Faktor CTCFL zeichnen sich durch eine fast identische ZF-Domäne, die die DNA Bindung vermittelt, aus. Die stark unterschiedlichen Carboxy- und Amino-terminalen Domänen lassen jedoch auf funktionelle Unterschiede der beiden Proteine schließen. Genom-weite Analysen konnten neben einer großen Zahl gemeinsamer, genomischer Bindestellen auch jeweils individuelle Bindestellen identifizieren. Da inzwischen die gemeinsame Präsenz beider Faktoren in Testis-Zellen aber auch in bestimmten Krebsformen bestätigt wurde, kommt der Erforschung der Auswirkungen von CTCF und CTCFL an gemeinsamen Bindestellen eine neue Bedeutung zu.Im Rahmen dieser Arbeit sollten die möglichen Sequenz-spezifischen oder Chromatinbedingten Grundlagen der differentiellen Bindemuster von CTCF und CTCFL analysiert werden. Dazu wurde unter Verwendung der umfangreichen ENCODE Datenbank eine bioinformatische Korrelationsanalyse durchgeführt, die zeigen konnte, dass aktive Histon-Modifikationen und Transkriptionsfaktoren an CTCFL Bindestellen, im Vergleich zu CTCF Bindestellen, angereichert vorliegen. Komponenten des Cohesin-Komplexes konnten gleichzeitig als einzige CTCF-spezifische Cofaktoren identifiziert werden. In ChIPseq Experimenten gefolgt von konventionellen ChIPs konnte kein Einfluss von CTCFL Bindung auf CTCF, Histon-Modifikationen oder Cohesin-Komponenten festgestellt werden. Zur weiteren Untersuchung in Zellkultur wurden P19 Zellen mit induzierbarer CTCFL-Expression hergestellt. Vergleichenden Analysen mit einem bereits beschriebenen, weiteren Klon konnten mittels FAIRE Experimenten differentielle DNAZugänglichkeit als Basis von Zelltyp-spezifischen CTCFL-Bindemustern identifizieren. Weitere Versuche, anhand von Chromatin-Veränderung in Folge von Differenzierung, die CTCFL-Bindung innerhalb des P19 Klons zu modulieren waren nur an zwei untersuchten Bindestellen (Ptprg &
Mzf1) erfolgreich.Um mögliche weitere Einflüsse auf die CTCF- und CTCFL-Bindung zu untersuchen wurden Analysen der genauen DNA-Bindemotive durchgeführt. Im Zuge dieser Experimente konnten sehr ähnliche DNA-Sequenzen identifiziert werden, die in vivo stark abweichende Bindung der beiden Faktoren zeigen. Somit wurde neben dem Chromatin-Einfluss auf die CTCFL Bindung auch eine potenzielle Rolle der gebundenen DNA-Sequenz identifiziert, die es lohnt in weiteren Experimenten zu überprüfen.
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