Gesamtgenomscan bei nicht verwandten Warmblutpferden mit chronisch obstruktiver Bronchiolitis
Lade...
Datum
Autor:innen
Betreuer/Gutachter
Weitere Beteiligte
Beteiligte Institutionen
Herausgeber
Zeitschriftentitel
ISSN der Zeitschrift
Bandtitel
Verlag
Lizenz
Zitierlink
Zusammenfassung
Es wurde ein Gesamtgenomscan bei bis in die Großelterngeneration nicht verwandten Warmblutpferden mit COB zur Identifizierung krankheitsrelevanter Genvarianten im Rahmen einer Fall-Kontrollstudie durchgeführt. Dazu wurden Proben in der Schweiz und in Deutschland gesammelt. Insgesamt 364 Pferde konnten in die Studie innerhalb von zwei Jahren eingeschlossen werden. Die Warmblüter wurden anhand der Auswertung eines standardisierten und validierten Fragebogens (RAMSEYER et al. 2007; LAUMEN et al. 2010) in Bezug auf ihren COB-Status in chronisch lungenkranke Fälle (n=186) und lungengesunde Kontrollen (n=178) eingeteilt. Zur semiquantitativen Auswertung der Besitzerangaben wurde ein Score-System entwickelt, welches eine differenziertere Bewertung der Schwere der Symptome ermöglicht. Aus EDTA-stabilisierten Blutproben erfolgte die DNA-Isolierung am Institut für Genetik der Vetsuisse-Fakultät Bern. Anschließend wurde am Department of Genetics des Animal Health Trust in Newmarket eine Genotypisierung durch Überprüfung von 54.602 SNPs mittels EquineSNP50 Genotyping Bead Chip (Illumina®, San Diego, USA) durchgeführt. Anhand der Berechnung von multidimensionalen Skalierungen konnte eine hohe genetische Ähnlichkeit innerhalb der Warmblutpopulation sowie zwischen Fällen und Kontrollen dargestellt werden. Durch Kombination der Genotypinformationen mit den Phänotypangaben wurden genomweite Assoziationsstudien berechnet. Im Gegensatz zum Nachweis von QTLs für COB auf Chromosom 13 und 15 durch einen Gesamtgenomscan von SWINEBURNE et al. (2009) bei direkten Nachkommen zweier Schweizer Warmbluthengsten konnten in der vorliegenden Arbeit bei den nicht verwandten Warmblütern nach Permutationsberechnung keine signifikanten Unterschiede zwischen Fällen und Kontrollen festgestellt werden. Durch Berechnung der genomweiten Assoziationen zur Fuchsfarbe in der eigenen Studienpopulation mit dem gleichen Material und mit derselben Methodik konnte eine hochsignifikante Assoziation (EMP2 = 0,001) zu Chromosom 3, auf dem das für die Fuchsfarbe verantwortliche Gen liegt, gezeigt werden. Somit konnte bestätigt werden, dass die Methodik geeignet ist um vorhandene Assoziationen aufzudecken.Es ist wahrscheinlich, dass zum einen die Probandenanzahl von 364 Warmblütern und zum anderen die Markerdichte des eingesetzten EquineSNP50 Genotyping Bead Chip noch zu gering waren, um mit der equinen COB assoziierte Genloci aufspüren zu können. Zur Aufdeckung von an der COB-Pathogenese beteiligten Genen wird eine weitere Erhöhung der Probandenzahl sowie eine Steigerung der Markerdichte pro SNP-Chip-Untersuchung weiterhin als sinnvoll erachtet. Erste vielversprechende Ergebnisse in dieser Richtung wurden u.a. unter Verwendung des eigenen Materials durch SHAKHSI-NIAEI et al. (2011) publiziert. Mittels QTL-Analyse auf Chromosom 13 konnte eine signifikante Assoziation des SNPs BIEC2-224511 bei nicht verwandten Warmblütern (n=646) zur COB gezeigt werden und das QTL bis auf 0,5 Mb eingegrenzt werden. Die Identifizierung beteiligter Gene wird als Grundlage zur Aufklärung der COB-Pathogenese und damit zur Entwicklung neuartiger Therapieansätze dienen, welche eventuell auch auf den Menschen oder andere Spezies übertragbar sind.Verknüpfung zu Publikationen oder weiteren Datensätzen
Beschreibung
Anmerkungen
Erstpublikation in
Giessen : VVB Laufersweiler