Analyse der 3` nicht translatierten Region von BVDV CP7
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Zusammenfassung
Ziel dieser Studie war es, die Bedeutung von Sequenz- und Strukturelementen innerhalb der 3 nicht translatierten Region (NTR) von BVDV zu untersuchen. Hierzu wurden Deletionsmutanten im Kontext eines kompletten Virusgenoms hergestellt und ihre phänotypischen Eigenschaften in vitro charakterisiert. Die 3NTR von BVDV Stamm CP7 umfasst 188 Nukleotide. Durch Computervorhersagen und biochemische Analysen konnte gezeigt werden, dass sich die 3NTR von CP7 zu 3 Stemloops (SL) faltet, welche durch einzelsträngige Regionen (ssr) getrennt werden. In der Analyse wurden die verschiedenen RNA-Sequenz- und RNA-Sekundärstrukturelemente der 3NTR mittels 15 4-Basen-Deletionen sowie der Deletion kompletter SL hinsichtlich ihrer Bedeutung für die virale Replikation untersucht. Es konnte gezeigt werden, dass die 3 terminale Stemloopstruktur SL I ein essentielles Element für die pestivirale Replikation darstellt. Alle diesen SL betreffenden 4-Basen-Deletionen sowie eine Mutante, bei der der komplette SL I deletiert worden war, führten mit Ausnahme der Mutante M3, von welcher replikationskompetente Pseudorevertanten mit deutlich eingeschränkter Replikationskapazität isoliert werden konnten, zu einem vollständigen Verlust der Replikationsfähigkeit. Mittels 4-Basen-Deletionen war es möglich zu ermitteln, dass der 3 teminale Teil der ssr, welche SL I und SL II trennt, ebenfalls essentiell für die Replikation ist, wohingegen Deletionen im 5 terminalen Teil der ssr zu keinem Verlust der Replikationsfähigkeit führten. Alle eingeführten 4-Basen-Deletionen in SL II, SL III und der ssr, die SLII und SLIII trennt, resultierten in infektiösen Viren, welche sich phänotypisch nicht wesentlich vom parentalen Virus unterschieden. Auch die Deletion von SL III resultierte in einem Virus, das keine Unterschiede zum parentalen Virus CP7-388 aufwies. Dieses Ergebnis steht im Gegensatz zu den Studien im Replikon-System, in denen essentielle Sequenz- und Strukturmotive im SL III postuliert wurden. Die Deletion von SL II führte zum Auftreten von Pseudorevertanten, welche immer noch eine 58 nt lange Deletion beinhalten, bemerkenswerterweise aber zu hohen viralen Titern in Zellkultur wachsen. Eine Deletion von sowohl SL II als auch SL III resultierte in einem Verlust der Replikationsfähigkeit. Ob dies für Sequenzbereiche mit ähnlicher Funktion innerhalb von SL II und SL III spricht, oder rein sterische Gründe hat, mit der dieser Teil der 3NTR die Replikationsinitiation am 3 Terminus ermöglicht, bleibt durch weiterführende Experimente zu klären.Verknüpfung zu Publikationen oder weiteren Datensätzen
Beschreibung
Anmerkungen
Erstpublikation in
Giessen : VVB Laufersweiler 2008