Mutationsanalyse eukaryoter Gene : BRCA-Genomanalyse von 35 Familien mit Mamma- und/oder Ovarialkarzinomen mit vergleichenden Studien über unterschiedliche Analyseverfahren
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Zusammenfassung
Um ein selektives Mutationsanalyse-Verfahren für BRCA1, eines der Gene, das für erblichen Brust-Eierstockkrebs verantwortlich ist, zu entwickeln, wurden 35 Patientinnen aus Bulgarien sowie 70 normale Kontrollpatientinnen untersucht. Die Patientinnen, die gezielt mit Hinblick auf familiären Brustkrebs/Eierstockkrebs ausgesucht wurden, wurden zuerst mit Hilfe des PTT komplett untersucht, um eventuell vorliegende 'Nonsense'-Mutationen zu entdecken. Da diese Untersuchung negativ ausfiel, wurde das weitere Screening mit Hilfe von drei verschiedenen SSCP-Formaten (SSCP, PEG-SSCP, MDE-SSCP) und CSGE fortgesetzt. Das CSGE-Protokoll wurde für diese Untersuchung optimiert. In dieser Studie wurden 12 Sequenzvariationen nachgewiesen, davon 11 Nukleotidsubstitionen sowie eine Deletion. Zwei dieser Variationen sind intronische Polymorphismen, die restlichen zehn liegen innerhalb der Exons. Von den nachgewiesenen 12 Polymorphismen sind 11 in der Literatur bereits beschrieben, einer ist neu. Alle Sequenzvariationen wurden mit Hilfe von CSGE, und acht der Polymorphismen ebenfalls mit Hilfe der SSCP entdeckt. Keine der Sequenzvariationen konnte allein durch SSCP-Analyse identifiziert werden. Aufgrund der spezifischen Sequenzabberationen (Nukleotidsubstitutionen) und des vergleichsweise hohen Prozentsatzes von AT (58,4%) im BRCA1-Gen stellt CSGE die sensitivere Methode dar. Diese Schlussfolgerung steht in Einklang mit anderen strategischen Analysen für BRCA1, und diese Tatsache kann weiterhin für die Mutations-Analyse von AT-reichen, multi-Exon Genen wichtig sein. Die Untersuchung von fünf bekannten Polymorphismen von Exon 11 bis Exon 16, die zu Aminosäure-Austauschen führen (Aminosäure-Position 871, 1038, 1183, 1431 und 1613) ergaben zwei distinkte Haplotypen, genannt BRCA1 und BRCA1*. Um das Kopplungs-Ungleichgewicht der Probanden zu untersuchen, die für alle Polymorphismen heterozygot sind, wurde die 'primer-aided allele-specific Amplifikation' (PASA) in Exon 11 (Aminosäure 871, 1038 und 1183) durchgeführt. Während BRCA1 das translatierte Produkt des BRCA1-Allels repräsentiert, führen die fünf Nukleotidsubstitutionen in BRCA1* zu Aminosäure-Austauschen in den oben genannten Positionen. Dieses ergibt eine molekular unterschiedliche BRCA1-Isoform, BRCA1*. Die errechnete Allel-Frequenz für BRCA1* beträgt 0,36 in der Kontrollgruppe (95% confidence interval (CI) 0,32-0,40) und 0,21 in der Patientinnengruppe (95% CI 0,17-0,26). Das seltenere Vorkommen des BRCA1*-Allels bei den Brustkrebspatientinnen könnte einen Populationsunterschied darstellen, oder auf eine benachteiligende/beschützende Funktion in der Entwicklung von Krebs hinweisen. Die Bedeutung dieses seltenen Haplotyps für den normalen, bzw. für den Brustkrebs-Phänotyp bleibt ein Thema weiterer Studien.Verknüpfung zu Publikationen oder weiteren Datensätzen
Beschreibung
Anmerkungen
Erstpublikation in
Wettenberg : VVB Laufersweiler 2003