Die beiden Proteine CTCF und CTCFL weisen eine nahezu identische zentrale 11 Zinkfinger Domäne auf, mit welcher sie in der Lage sind, an spezifische DNA Sequenzen zu binden. Während CTCF in allen somatischen Zellen exprimiert wird, ist die Expression von CTCFL auf wenige Zelltypen in Testis Gewebe beschränkt und kann ansonsten nur noch in Tumorgeweben und einigen Zelllinien in höherer Kopienzahl nachgewiesen werden. Für CTCF sind mehrere Funktionen (transkriptionelle Aktivierung oder Repression, X Inaktivierung, Imprinting) und auch Interaktionspartner (z.B. Cohesin) bekannt. Die Funktionen von CTCFL sind hingegen weniger gut untersucht. Aufgrund der normalerweise strikten Trennung der Expression von CTCF und CTCFL, sowie einer identischen DNA bindenden Zinkfinger Region wird vermutet, dass beide Proteine im Falle gemeinsamer Expression um dieselben Bindestellen konkurrieren. Im Hinblick darauf wird auch diskutiert, ob gerade diese Konkurrenz indirekt durch eine Behinderung der natürlichen Funktionen von CTCF zur Entstehung von Tumoren führt. Um die Funktionen von CTCFL sowie die Auswirkungen der Konkurrenz mit CTCF zu untersuchen, wurden NIH3T3 Klone mit induzierbarer CTCFL Expression (Tet off System) hergestellt. Bei einer genomweiten Untersuchung in einem der Klone zeigten über 400 Gene nach der Induktion von CTCFL eine signifikante Deregulierung ihrer Expression. Diese konnte über individuelle PCR Experimente (RT PCR und real time PCR) für alle untersuchten Gene verifiziert und auch in weiteren Klonen nachgewiesen werden. Einige der deregulierten Gene spielen dabei eine wichtige Rolle während der Spermatogenese. Die Identifizierung der Bindestellen von CTCFL und CTCF in dem für die Genexpressionsanalyse verwendeten Klon zeigte, dass die Bindung von CTCFL und CTCF überlappt. Eine Motivanalyse ergab ein fast identisches Bindemotiv für beide Proteine. CTCF und CTCFL erkennen somit tatsächlich dieselben DNA Sequenzen. An einigen Bindestellen wurde sogar eine Verminderung der CTCF Bindung nach CTCFL Induktion beobachtet. An diesen Stellen könnte es somit tatsächlich zu einer Konkurrenz zwischen CTCF und CTCFL kommen. Weiterhin konnte für mehr als die Hälfte der deregulierten Gene im Gen oder in gennahen Bereichen eine CTCFL Bindestelle detektiert werden, so dass die Deregulation in diesen Fällen ein direkter Effekt der CTCFL Bindung sein könnte.
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